In deze fase wordt het vastgestelde beleid geïmplementeerd door middel van operationele maatregelen, projecten, vergunningverlening en handhaving. Dit omvat onder andere het toepassen van vergunningsprocedures, monitoring van activiteiten en het waarborgen van naleving van regelgeving. Het programma bevat een systeem voor monitoring en evaluatie om de voortgang en effectiviteit van de genomen maatregelen te meten. Op basis van deze monitoring en evaluatie kunnen eventuele bijstellingen worden doorgevoerd. Het beleid wordt vervolgens uitgevoerd door overheidsinstanties, gemeenten, provincies of andere relevante partijen. Hierbij hoort ook handhaving om ervoor te zorgen dat regels worden nageleefd en doelen worden behaald.